Während ihre Brüder Thomas von Blarer als Bürgermeister von Konstanz und Ambrosius als geistlicher Liederdichter für die Sache der Reformation wirkten, ward Margarethe, nach dem Vorbild der Diakonissen der ersten christlichen Kirche, die Dienerin der Armen und Kranken. Es befand sich damals in Konstanz ein ganzer Verein ächt christlicher Gattinnen und Jungfrauen, weit und breit bekannt durch die Hilfe, die sie einheimischen und fremden Kranken, Witwen, Waisen und von der Pest Befallenen angedeihen ließen. Margarethe war die Vorsteherin dieses Vereins. In dieser Hinsicht schrieb Ambrosius im Juli 1541 an sie: „Herzlich bitt ich dich, liebe Schwester, höre nie auf, das Anliegen der Kirche Gottes auf Erden, der ächt evangelischen, dem himmlischen Vater in heißen Fürbitten zu empfehlen. Du weißt, sie leidet übel Noth von allen Seiten und wird angefochten von Gewaltthätigen, geistlichen und weltlichen Standes, von blinden Führern der Blinden. Bitte und erbitte doch mit deinem stillen frommen Hausvölklein, ich meine deiner Hauskirche, daß die bedrängte, verfolgte, wieder zur Ruhe komme, sich erhole, stark werde, aufblühe und Früchte trage für’s ewige Leben. Ja das thust du! Ich darf dir nicht erst meine Gattin und Kinder empfehlen; jene liebst du als Schwester, diese als Mutter. Grüße mir doch deinen ganzen Haushalt, mit allen deinen Armen, Kranken, Presthaften, Nothleidenden, nach Erlösung Seufzenden, welche in dir eine liebende Mutter finden. Sage dem lieben Völklein, wenn es für dich betet, so soll es auch zugleich an mich, deinen Bruder, denken; ich treibe des HErrn Werk wie du, nur jedes auf seine Weise. O wie freut es mich zu sehen, wie schön dich der HErr mit höheren Kräften stärket, daß du nicht erliegst unter den Sorgen allen. Möge Er dir zeitlebens den schönsten Segen gönnen, Hungrige zu speisen, Dürstende zu tränken, Nackende zu kleiden, Fremde zu beherbergen, Kranke zu laben. Wir nähren, tränken, kleiden, verpflegen ja Christum selbst in unsern Kranken. Nochmals, der HErr lohne dir’s Schwester! was du an den Kranken thust in Ewigkeit!“ Aber nicht lange mehr sollte die Getreue also dem HErrn dienen. Als sie bei der verheerenden Pest im Nov. 1541 eine Menge Pestkranke unablässig besuchte, erkrankte sie selbst und entschlief. Von ihrem Heimgang berichtet ihr Bruder Ambrosius: „Sie gab so sanft unter heiligen Reden und mit vollkommenem Vertrauen auf Christum ihren Geist auf, daß man wohl sagen kann, sie ist nicht gestorben, sondern sanft zum HErrn heimgegangen, und hat ihre Seele in die Hände ihres treuen Erlösers übergeben.“